普洱茶在陈化过程中会涉及到物理变化与化学变化，其中物理性质变化，包括如颜色的变化、灰分的变化、拉力弹性和吸湿能力的变化、PH值的变化、其他微量气体的产生和变化、热量的变化、干物质损耗等。而化学成分变化主要在以下几个方面： 碳水化合物的变化 普洱茶的碳水化合物在储存过程中的消耗，一部分与二氧化碳的产生是并行的，另一部分由于在自然醇化过程中，还原糖与氨基酸发生持续的非酶棕色化反应，产生棕色色素和数种对茶气香味有良好作用的香味化合物。
多酚类物质的变化 普洱茶在存储过程中，多酚类以缓慢的非酶促氧化反应为主。多酚类继续稳定氧化会形成分子量较大的棕褐色色素，普洱茶在压制、醇化及发酵后颜色的加深，与该反应有重要关系。 果胶质的变化 普洱茶中含有相当数量的果胶质，尤其是高等级茶。果胶容易分解，在高温存储普洱茶时，果胶质的甲醇可以被除去80%以上，即便是低温储存，也可以去除30%左右。
含氮化合物的变化 含氮化合物的变化会对茶的香气、滋味产生一定的影响，氨基酸总的来说呈减少趋势，茶碱非常易于氧化，醇化后会有明显的减少，茶碱对人体的刺激性也会逐步降低。 有机酸的变化 有机酸对平衡茶汤浓强度具有重要作用，间接地影响普洱茶的香气滋味。普洱茶在自然醇化或人工发酵后，有机酸总量增加，酸性增强，这对于提高普洱茶的滋味品质是有利的。